縄文時代の食生活は、その代表的遺構である貝塚からそのあらましがわかるとされています。
陸棲動物では鹿、猪を主に熊や狐などを、水棲動物では鯛、鱸（すずき）を主に平目や河豚、時には鯨や海豚などを、貝では赤貝、猿頬（さるぼう）蛤、浅蜊外を挙げています。
（ところで猿頬って余り聞きませんね。どんな貝でしょう？興味がある方は以下へ。）
http://bigai.world.coocan.jp/pic_book/data03/b0144.html

下の図は縄文時代の遺跡から想像した当時の食べ物の例です。

三内丸山遺跡公式ホームページより　
　当時の調理法は火で焼く、あぶる、煮るなどの火食です。
興味深いのは、　「当時は海水から塩を取った遺跡・遺物は皆無で食塩は使わなかったと思われる。」と書かれていることです。筆者は「彼らは動物の臓器等を多く食べていたのであえて塩分は不要だったのではないか。」と想像しています。
また、　「一方で関東の貝塚から辛味がある巻貝のレイシが、青森県の遺跡から山椒を入れた土器が発見されたことから、刺激性の辛いものが使用されたらしい。」とも書いています。

■弥生・古墳時代(紀元前後～７世紀)

　弥生・古墳時代の概要については、　「弥生時代には水稲と金属器の輸入、弥生式土器の登場で画期的な変化がおとずれた。人々は農耕に適した低湿地の周辺に居住した。さらに3世紀頃になると、強大な大和朝廷による日本の統一が出来上がってきた。」とあります。

　この時期の食における最大の出来事は、なんといっても稲作の始まりと広がりです。
水稲は前３世紀頃に九州で、前1世紀頃に近畿へ、そして３世紀には関東に広まりました。
以降現代に至るまで、米は日本人の主食として位置付けられたばかりでなく、　「日本人の諸習慣や社会組織の根底を作り、米食民族として運命付けられることになった」のでした。
　米の調理方法については、　「穂につけたまま倉に入れた籾は、必要に応じて穂から離した。籾は竪臼に入れて竪杵でついて脱穀した。米の調理は精白することはなく玄米のまま粥にしてすすったのではないかと想像されている。古墳時代になると強飯（こわめし）が一般化した。」としています。

当時の食事のイメージ　イラストは弥生ミュージアムより借用

　倉があるということは、安定供給できるようになった米をストックするようになったということですね。
弥生・古墳時代は、米を常食とすることで主食・副食という概念が形成された時代であるとともに、ストックによる貧富の差が生じ、拡大した時代でもあります。

ところで、主食副食という概念は世界共通のものなのでしょうか。

これには諸説があるようですが、その地域で比較的大量に安定的に栽培でき、かつ総合栄養食としてバランスがよいものが、主食の地位にあるようです。
米や芋が代表的ですね。
ちなみに小麦から作るパンは、総合栄養食という点ではバランスが悪く、そのためにおもにパンを食べる国では主食・副食という概念は薄いようです。
http://karusyoku.com/kuraberu/kuraberu2.html
また下の図は、国別の最大作付け面積の作物で色分けしたもので、必ずしも主食作物を示しているわけではないのですが、概要はわかりますね。
http://www2.ttcn.ne.jp/honkawa/0430.html
　食という観点での縄文時代から弥生・古墳時代への変化は、採取による雑食の時代から、安定栽培できる米を主食に固定した主食副食分離の時代への変化と言えるようです。